Lesní ekosystémy
AOPK ČR je příslušná k hospodaření na přibližně 2,7 tis. ha pozemků určených k plnění funkcí lesa (PUPFL) na území celé České republiky, které jsou součástí zvláště chráněných území.
Nejvíce majetku je soustředěno na území chráněných krajinných oblastí (cca 776 ha), z toho více jak polovina je zároveň chráněna i jako součást některého z maloplošných ZCHÚ. Významná část pozemků se nachází v maloplošných ZCHÚ ve volné krajině mimo CHKO (cca 574 ha). Kromě výše uvedeného majetku v plném vlastnictví má AOPK ČR na svém listu vlastnictví ještě cca 1,3 tis. ha pozemků ve spoluvlastnictví.
Pro tyto pozemky má AOPK ČR zpracováno a schváleno 13 lesních hospodářských plánů pro lesní hospodářské celky vymezené krajským uspořádáním (kromě hl. m. Prahy). Veškeré zásahy v lesích jsou vedeny s maximálním ohledem na plnění mimoprodukčních funkcí lesa.
Kromě opatření prováděných ve prospěch předmětu ochrany přírody zajišťuje AOPK ČR i realizaci dalších zásahů, vyplývajících z naplňování povinností vlastníka dle ustanovení lesního zákona, jako například na úseku ochrany a výchovy lesa.
- NPR Božídarské rašeliniště
Jedním z nejvýznamnějších území z pohledu ochrany přírody jsou pozemky v NPR Božídarské rašeliniště, které jsou soustředěné ve 400 hektarovém uceleném bloku. Zde se AOPK ČR snaží obnovit přirozené funkce rašeliniště (např. z prostředků OP ŽP) přehražováním odvodňovacích příkopů, dále pak lesnickými opatřeními, které mají za cíl stabilizovat imisně poškozené porosty a obnovit stanovištně původní horskou smrčinu včetně zvýšení druhové pestrosti porostů.