Metodiky pro oblast druhové ochrany
- Invazní nepůvodní druhy s významným dopadem na Evropskou unii, metodika (2021)
- Ochrana biotopu vybraných zvláště chráněných druhů v územním plánování - metodika (2021)
- Doprava a ochrana fauny v České republice (2020)
- Jak značit exempláře CITES? (2019)
- Invazní nepůvodní druhy s významným dopadem v Evropské unii (2018)
- Ochrana syproxylického hmyzu a opatření na jeho podporu (2014)
- Metodická příručka pro praktickou ochranu ptáků v zemědělské krajině (2013)
- Kuřička hadcová Minuartia smejkalii. Péče o druh a jeho lokality (2011)
- Sinkovět chrpovitý Jurinea cyanoides. Péče o druh a jeho lokality (2011)
- Vstavač trojzubý. Orchis tridentata. Péče o druh a jeho lokality (2011)
- Vydra a doprava. Příručka k omezení negativního vlivu dopravy na vydru říční (2011)
- Metodická příručka pro praktickou ochranu netopýrů (2010)
- Raci, výzkum a ochrana (2009)
- Hodnocení fragmentace krajiny dopravou (2005)
- Metodika pro zpracování záchranných programů pro zvláště chráněné druhy cévnatých rostlin a živočichů (2002)
- Metodika křížení komunikací a vodních toků s funkcí biokoridorů (1995)
- Ochrana plazů (1995)
